Die grauen Flächen/Linien darfst du getrost übermalen,(musst du sogar wenn du willst das die Skin nach was aussieht).Die Linien dienen nur als optische Hilfe, damit du die einzelnen Details exakt plazieren kannst.Deshalb würde ich auch grundsätzlich die Texturen (für den Anfang) halbtransparent gestalten.

Welchen Skineditor benutzt du denn, ich den UTSkinmaker2.4(hab noch keinen anderen getestet, sollte es aber mal tun)der wandelt die Skin per Knopfdruck in .utx/.int Dateien um und wenn du möchtest installiert er sie auch gleich in UT.
Funktioniert zuverlässig.